1.菌丝徒长
一般是因为料堆覆膜时间过长，覆盖过严，缺乏定期揭膜透气所致，在气温高、料温高、湿度大、二氧化碳浓度高的小气候环境影响下，造成菌丝徒长。
草菇播种2天后，应定期揭膜或将薄膜用木棒支起。适度通风降温降湿，防止料面气生菌丝过度生长，促使菌丝往料内延伸，增加料内菌丝生长量。

2.脐状菇
草菇子实体形成过程中，因缺氧使外包膜顶部出现整齐的圆形缺口，形似脐。脐状菇主要发生在通风不良，二氧化碳浓度过高的菇棚。

子实体形成期间，应定期通风，及时排出积集的二氧化碳，保持空气新鲜，防止脐状菇的产生。

3.子实体长出白毛
在已分化的草菇子实体周围表面上长出一丛白色浓密的绒毛状菌丝，影响子实体生长成熟，重者引起子实体萎缩死亡。其原因主要是通气不良缺氧而致。多见于料面覆盖的塑料薄膜没有定期揭开进行通气。

这种现象一经发现，应立即揭去薄膜，加强通风换气，绒毛菌丝可自行消退，子实体仍然继续生长。

4.幼菇枯萎
幼菇因条件不适宜而停止生长发生枯萎死亡，主要原因有：①气温骤降。多见于初夏和早秋气温多变季节，寒潮的侵袭气温骤然降至20℃以下，使刚形成的幼菇生长突然停止，发生枯萎死亡。②床温下降。由于菇蕾形成过晚或生长第二潮菇时，床温降低至30℃以下，不适合幼菇生长。③中断营养。如采菇时松动幼菇，引起菌丝断离，或害虫啃损伤菇体组织，中断菇体营养来源。